لم تتوقف العلاقة بين حركتي التبشير والاستعمار عند نقطة المصالح المشتركة بل إنا نجد أن الأخلاقيات السيئة للاستعمار من قتل وبطش قد حصلت بمباركة وأحياناً بمشاركة رجال الكنيسة.
ويقول المسيو أوجين يونج وكيل حكومة التونكين الفرنسية في كتابه "استعباد الإسلام - الحرب الصليبية الجديدة" بأن بابا الفاتيكان يخطط دون ملل وكلل لحروب صليبية جديدة.
كما أن النظرة الاستعمارية الفوقية للشعوب المستعمرة هو أمر آخر تأثرت به حركة التبشير، وفي ذلك يقول ستيفن نيل: "في القرن التاسع عشر خضع المبشرون إلى العقد الاستعمارية التي تقول بأن الرجل الغربي فقط هو الإنسان بكل ما تعنية هذه الكلمة..
فحتى عام 1914م لم يكن لدى الكنيسة الرومانية الكاثوليكية أي أسقف من أصل غير أوربي - سوى أربعة -.... طالما كان الجنس الأبيض في استطاعته أن يقدم مورداً لا ينضب من الأساقفة فإنه لا يمكن أن يوجد رجل واحد من الأجناس الصفراء والحمراء والبنية والسوداء يستطيع حمل ثقل الأسقفية".
وقد كان محاربة الإسلام هدفاً أصيلاً للمستعمر، ومن صوره ما ذكره الكاتبان الفرنسيان كوليت وفرانسيس جانسون فقالا: "لعل العبث بالدين الإسلامي كان هو المجال المفضل لدى القائد الفرنسي في (الجزائر) روفيجو، فقد وقف هذا القائد الفاجر، ونادى في قومه: إنه يلزمه أجمل مسجد في المدينة ليجعل منه معبداً لإله المسيحيين، وطلب إلى أعوانه إعداد ذلك في أقصر وقت ممكن "ثم أشار إلى جامع القشاوة، فحولوه إلى كنيسة بعد شلالات من الدم، وسمي "كاتدرائية الجزائر".
