التلوث البيئي هو عامل آخر مهم مسبب للانقراض. المواد الكيميائية السامة و خاصة مركبات الكلور و مواد الأسمدة و المبيدات الحشرية مثل (ال DDT) أصبحت مركزة في السلاسل الغذائية. و يكون تأثير هذه المواد أعظمياً في الأنواع القريبة من قمة الهرم الغذائي. التلوث المائي و ارتفاع حرارة الماء عامل مهم أيضاً و قد قضى على العديد من أنواع الأسماك في العديد من المواطن. تلوث الماء بالنفط أيضاً يدمر الطيور الأسماك و الثدييات. و يمكن أن يغطي النفط قعر المحيط للعديد من السنوات. بات من المعروف أيضاً أن الأمطار الحامضية الناتجة عن السمية المفرطة للهواء تسبب مقتل الأحياء في بحيرات المياه العذبة و تدمير مساحات شاسعة من أراضي الغابات.
