نتجت مشكلة الحدود بين المغرب والجزائر من جراء الخلافات بين الإدارات الاستعمارية الفرنسية في الجزائر والمغرب، حيث الغموض في حدود الأجزاء الجنوبية بين البلدين.
وبعد استقلال الجزائر عام 1962، تقدم المغرب بالمطالبة بإقليم تندوف جنوب غرب الجزائر، بل والزحف ناحيتها، فقامت حرب قصيرة بينهما (1963 - 1964) بهدف استرجاع المغرب في لأراضيه بكل من تندوف وفجيج الغنيتين بتكوينات الحديد العالي الجودة.
وأكدت مصادر أخرى أن احتواء المنطقة على كميات كبيرة من البترول والغاز دفع الجزائر للمجازفة بإشعال الصراع حول الصحراء المغربية طمعاً في الاستفادة اقتصادياً ولو بشكل جزئي إذا تم التوصل إلى تسوية تقسيميه بين البلدين بخصوص الإقليم.
واستند المغرب في ادعائه بحق السيادة على تندوف وما جاورها بكونها خاضعة لسيطرته التاريخية في قرون ماضية، فيما شددت الجزائر على حقوقها وسيادتها على الإقليم بموجب ما ورثته عن الإدارة الفرنسية الاستعمارية.
تم توقيع معاهدة للتضامن والتعاون في أفران عام 1969 وتراجع المغرب عن ادعاءاته.
واتفق الطرفان على إنشاء منطقة منزوعة السلاح على الحدود في تندوف.
كما اتفقت الدولتان في مايو 1970 أن منطقة الحديد الخام تندوف في الجزائر بشرط مشاركة المغرب والجزائر في استغلال حديد تندوف من خلال شركة مشتركة.
إلا أن العلاقات عادت للتوتر مرة أخرى بعد تحرير المغرب لصحرائه من الاستعمار الفرنسي وتأسيس الجزائر لجبهة بوليساريو الانفصالية عام 1975، بخصوص هذه المنطقة.
