رغم الأهمية لهذا النوع من التعليم والنتائج الأولية التي أثبتت نجاح ذلك إلا إن التعليم الإلكتروني كغيره من طرق التعليم المختلفة يواجه بعض المعوقات والتحديات التي قد تحول بينه وبين الأهداف التي وضع من أجلها.
ومن بين هذه المعوقات من أهمها ما يلي:
1- تطوير المعايير.
2- الخصوصية والسرية.
3- التصفية الرقمية.
4- مدى استجابة الطلاب مع النمط الجديد وتفاعلهم معه.
5- وعي أفراد المجتمع بهذا النوع من التعليم وعدم الوقوف السلبي منه.
6- الحاجة إلى تدريب المتعلمين لكيفية التعليم باستخدام الإنترنت.
