عادة ما ينجم التسمم الميكروبي عن طريق نوافذ الجسم المختلفة تلك التي تفتح عادة على البيئة الخارجية وتتعامل معها كالجهاز التنفسي والغطاء الجلدي.
وتوجد أربعة انواع اساسية للتسمم الذي يتم عن طريق الجهاز الهضمي ويبدأ بالفم وهي التسمم البوتيوليني والتسمم بالسالمونيلا والتسمم بالميكروبات العنقودية والتسمم بالفطريات والتسمم بالطفيليات وحيدة الخلية.
أما التسمم البوتيوليني فيكون عن طريق اللبن الملوث او الاطعمه المحفوظة وقد يصل الميكروب للبن عند حلبه او نقله ويؤ ثر هذا التسمم على الجهاز العصبي حيث يرى المريض الشئ اثنين ولا يستطيع القراءة عن قرب وتجف اغشيته المخاطية ثم يشكو من الامساك.
السالمونيلا فهو ميكروب ينتمي الى الباسيلات التي تسبب امراض معوية في الخنزير والابلوالطيور والاعراض تظهر في شكل مغص وقئ واسهال وارتفاع درجة الحرارة.
الميكروبات العنقودية مثل الافلاتوكسين ويكثر وجوده في الفول السوداني والفستق واللوز والجبن.
الطفيليات وحيدة الخلية وتوجد في بعض المأكولات البحرية كأم الخلول وهي تفرز سموما تؤثر على الجهاز العصبي وفي غضون 5 ساعات تبدو على هيئة تنميل الاطراف والدوار مع انهيار القوى ويجب اسعاف المريض بسرعة.
